La familia O’Neill sostiene que su origen se remonta a Niall Glúndub, monarca de Ailech en el siglo X y reconocido como Gran Rey de Irlanda. Este soberano pertenecía a la rama septentrional de los Uí Néill, conocida como Cenél nEógain. El uso formal del apellido patronímico Ó Néill fue iniciado por Flaithbertach Ua Néill, bisnieto de Niall Glúndub, consolidando así la identidad del linaje.
Durante los siglos XI y XII, el clan permanece prácticamente ausente de los registros históricos, ya que no aparece en los Anales de Irlanda entre los años 1080 y 1160. Este vacío documental ha llevado a los historiadores a describir ese período como una etapa de orígenes inciertos y poco claros. Sin embargo, su influencia comenzó a fortalecerse nuevamente a partir de la segunda mitad del siglo XII.
En el año 1167, el entonces Gran Rey de Irlanda, Ruaidrí Ua Conchobhair, emprendió una campaña hacia el norte y reorganizó el antiguo reino de Ailech, dividiéndolo en dos territorios. Las tierras situadas al norte de Slieve Gallion fueron asignadas a Niall Mac Lochlainn, mientras que la región meridional quedó bajo el control de Áed Ua Néill. Esta división dio origen a una prolongada rivalidad entre ambas casas, que lucharon por el dominio de Tír Eoghain durante décadas.
El conflicto alcanzó su desenlace en 1241, durante la batalla de Caimeirge, en la que los O’Neill lograron derrotar y eliminar a los principales líderes de la familia MacLoughlin, consolidando definitivamente su hegemonía en la región.